Bonjour, je ne suis pas expert en E46 mais ayant voulu en acheter une, je me suis pas mal renseigné. J'ai à présent une E39 M54B30 donc le même bloc moteur, je peux donc t'en parler.
De ce que je sais, les problèmes de train arrière fissurés sur E46 sont résolus sur les phases 2.
Dans un premier, temps je te recommande très fortement la chaine Youtube du The 50's Kid :
https://www.youtube.com/channel/UCml-eeSLJZ38Q5_sUnUXrZwC'est un américain qui a refait 2-3 E46 M54 et un X5 M54 aussi, il y a énormément de vidéos expliquant les pannes & problèmes récurrents sur ces modèle, principalement au niveau du moteur.
Voici ce que je te conseille de vérifier au niveau du moteur, globalement tous les caoutchoucs vieillissent assez mal. La liste ci-dessous est connue sur les M54, avec des véhicules de cet age tu n'y couperas pas:
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Joint de couvre culasse : fais un tour avec la voiture, une fois chaude tu ouvres le capot et tu regardes au niveau des collecteurs d'échappement s'il y a de la fumée avec odeur d'huile brulée, si oui pas de panique, c'est juste le joint de couvre culasse fatigué qui fait suinter de l'huile moteur qui est ensuite brulée sur les collecteur. (le joint coute environ 30€, il est expliqué comment le changer sur la chaine Youtube précédemment citée, c'est "head cover gasket")
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Joint d'embase de filtre à huile : j'ai eu la mauvaise surprise de découvrir des tâches d'huile sous la voiture deux semaines après l'avoir achetée, la cause est principalement le joint de l'embase du filtre à huile qui fuit, facile à changer pour environ 10€. Encore une fois la chaine youtube explique comment procéder pour le remplacement (Oil filter housing)
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Pompe à eau et thermostat: encore une fois les joints fatiguent, si fuite de LDR les remplacer! Je rajoute un bonus sur les vases d'expansion de LDR qui sont connus pour casser/suinter sur les E46.
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Courroies: Généralement craquelées, remplacement aisé. (sauf si t'as une BVA, le ventilateur moteur nécessite des outils spéciaux pour le démontage)
Globalement c'est un très bon moteur, mais prévois de faire les choses citées ci-dessus. Si t'es un minimum bricoleur ça pose vraiment aucun soucis!